陈恭尹“修髯伟貌，气局深沉”，其父陈邦彦为明末岭南抗清主力，与陈子壮、张家玉一起，被尊为“岭南三忠”。隆武二年（1646）清军陷广州，其父陈邦彦举兵抗清，兵败被俘，被清军寸磔于市，全家除陈恭尹侥幸逃走外均同时遇难。丧亲之痛，延续到陈恭尹晚年，仍无法释怀。他晚号“独漉子”，取自古乐府：“独漉独漉，水深泥触。……父冤不报，欲活何为！”南明时，陈恭尹进朝泣陈其父为国殉难情状，永历帝授以世袭锦衣卫指挥佥事之职。

其父陈邦彦是明末清初广东抗清斗争的发起人之一，也是一位享有声誉的宿儒。他自小受父亲的思想影响颇深，并在父亲的指教下攻读诗书，擅长写诗作赋。永历元年（1647），他的父亲于战败后被清军俘获并处死，全家除陈恭尹侥幸逃走外均同时遇难。其后，他为报家仇而参加反清斗争，并往返于福建、浙江、江苏等地联系抗清的各地义军。永历十二年（1658），他赴云贵一带欲投奔南明永历帝，未遇，遂返回增城定居。至永历十六年（1662），南明永历帝被清廷俘获处死，陈恭尹中止了联络反清志士的活动，潜居家乡专致读书达十几年之久。其间，与名诗人屈大均结交甚深，并一度与平南王尚可喜有诗词唱酬的交往。永历三十二年（1678），因与尚可喜有旧交而被指涉嫌参与“三藩之乱”遭官府逮捕下狱。被关押半年后始出狱，定居在广州城南。自此后他的意志较消沉，移志于诗词歌赋的创作，与友人结成诗社相互唱和，被时人称为“岭南七子”。陈恭尹的诗尤擅七律诗。他的诗大多以感怀身世，矢志抗清、反映民疾及描述岭南风物为主题。晚年虽多与清廷权贵唱酬，但始终不肯出任新朝的官职。他为其居所取名“独漉堂”，以暗喻家仇未报，匡复之志未灭之意。他的隶书书法为清初独步广东的第一人。遗著有《独漉堂集》。

南明亡后，陈恭尹定居广州，与友人何衡、何绛、陶窳、梁梿相与砥砺名节，发愤读书，世称“北田五子”。 后“三藩之乱”爆发，屈大均从吴军于桂。陈恭尹与屈相交甚深，又“以名重为时所指目”，永历三十二年（1678），陈恭尹被捕下狱，关押二百日后始得解脱。从此心怀畏惧，壮志渐消，避迹隐居，自称“罗浮布衣”。晚年寄情诗酒，曾与清廷权贵唱酬，曾被梁梿当面叱问“何事而仆仆走风尘？”又被讥讽“可怜一代夷齐志，错认侯门是首阳”。但陈恭尹并非改弦更张，他终其一生仍不仕清。冯奉初在其传记中解释，与权贵唱酬是陈求自保之策：“及得脱，自念身历沧桑，恐终不为世所容，乃筑室羊城之南，以诗文自娱；贵人有折节下交者，无不礼接。“于是冠盖往来，人人得其欢心。议者或疑其前后易辙，不知其避祸既深，迹弥近而心弥苦矣。” 这也是为什么陈恭尹之前自号“半峰”，表示初老山林的志向，晚年把号改为“独漉”，身世之痛反而隐含更深。晚年，陈恭尹在广州育贤坊建小禺山舍，以遗民身份终老。清康熙三十九年（1700），病逝于广州，葬于市郊祥云岭南麓。